Los melocotones para su correcta conservación deberán ser sometidos inicialmente a un preenfriamiento, para pasar posteriormente a las cámaras de conservación cuya temperatura habrá de controlarse en torno a los 0ºC.

Tras la recolección es imprescindible una prerrefrigeración que deberá realizarse dentro de las 12 primeras horas de recepción, trabajando con humedades relativas del 95%. El método más aconsejable de prerrefrigeración es el hidro-enfriamiento por favorecer el endurecimiento del fruto al eliminar rápidamente el calor de éste.

Es importante a la hora del almacenaje no sobrepasar la capacidad de carga de 150 kg/m3. También se deberá procurar una renovación continua y periódica del ambiente para evitar etileno. La aplicación de etileno a fruta cosechada en el grado adecuado de madurez solamente conducirá a que la fruta madure con mayor uniformidad, sin acelerar la tasa de maduración. Los principales beneficios que se pueden obtener de la aplicación de atmósferas controladas son la conservación de la firmeza y el cambio de color del fruto verde a fruto maduro. Así por ejemplo se recomienda unas condiciones de atmósfera controlada para el melocotón de 6% de O2 y 17% de CO2 .

La vida útil máxima se obtiene cuando la fruta es almacenada aproximadamente a 0ºC y varía de 1 a 7 semanas cuando se trata de nectarinas y de 1 a 5 semanas si se trata de melocotones. Debido a que la degradación interna es la mayor limitante para la vida útil, cuando la fruta es almacenada a 5ºC la vida de poscosecha se minimiza.

El almacenamiento posterior a la recolección es determinante para la vida útil de la fruta, pero las prácticas culturales también desempeñan un rol muy importante. Así por ejemplo, la fruta de menor tamaño que ha crecido en la parte externa de la copa tiene una vida útil más larga que fruta de tamaño mayor que ha crecido en una posición interna.

Los melocotones pueden presentar degradaciones internas pardas por frío o externas negras que reducen la calidad del fruto.

Existen diversos hongos que también afectan al aspecto externo del melocotón produciendo pudriciones.

Los melocotones pueden presentar a lo largo de su conservación diferentes alteraciones fisiológicas ó fisiopatías y enfermedades.
Las fisiopatías más destacables son:

- Degradación interna o daño por frío: se caracteriza por un pardeamiento interno de la pulpa, harinosidad del tejido, aparición de tintes rojos en la pulpa, incapacidad de maduración y pérdida de sabor. Estos síntomas suelen ser detectados por el consumidor dado que se desarrollan durante la maduración, tras un período de almacenamiento en frío. La fruta que es más susceptible a este problema es la que se almacena dentro de un rango de temperaturas de 2.2 a 7.6 ºC.

- Coloración negra (Inking): es un problema cosmético que sólo afecta a la piel. Se caracteriza por pintas o estrías de color negro o café. Generalmente los síntomas aparece a las 24-48 h después de la cosecha. La coloración negra se debe al daño por rozadura. Suele ocurrir en las etapas de manejo de poscosecha, aunque es más usual que aparezcan en las operaciones de cosecha y traslado. Las recomendaciones para reducir la coloración negra son manejar cuidadosamente la fruta y evitar aplicaciones foliares de nutrientes durante los últimos 15 días antes de la cosecha, así como seguir las pautas de periodo de carencia para aplicaciones de fungicidas en precosecha.

En cuanto a las enfermedades , las más relevantes son:

- Pudrición parda: la causa el hongo Monilinia fructicola y es la enfermedad de poscosecha más importante. Se caracteriza por una mancha húmeda parda oscura en la superficie del fruto, que rápidamente se desarrolla en una pudrición húmeda y blanda de todo el fruto. Las lesiones su cubren posteriormente con un micelio blanco. Un olor agrio parecido al vinagre acompaña a la pudrición. La infección comienza en la floración, y la pudrición se puede dar antes de la cosecha pero a menudo se da en postcosecha. Como medidas preventivas de control se recomienda la limpieza del huerto para minimizar fuentes de infección, la aplicación de fungicidas en precosecha y el enfriamiento inmediato de fruta tras la cosecha.

- Moho gris: causada por Botrytis cinerea. Se caracteriza por la aparición de un moho grisáceo algodonoso. Su impacto puede ser grande durante la temporada mojada de la primavera. Suele aparecer una vez que el consumidor lo tiene almacenado en casa, en el caso en que se haya contaminado la fruta en la cosecha o por heridas en el manejo.

- Pudrición de Rhizopus: causada por Rhizopus stolonifer, se puede dar en frutas maduras o casi maduras mantenidas a 20-25ºC. El tejido infectado es pardo pero no acuoso y la parte sólida podrida se puede quitar fácilmente del tejido sano. Se puede combatir enfriando la fruta o manteniéndola por debajo de 5ºC.