Los limones deben ser almacenados en cámaras con temperaturas entre los 10-12ºC, ya que temperaturas inferiores provocan importantes daños en el fruto. La humedad se debe mantener lo más alta posible, en torno al 95% para evitar la desecación.

En muchos países del mundo, la mayoría de los cítricos son recogidos y mantenidos en cámaras con temperaturas en torno a los 2-5ºC. Sin embargo los limones y limas no pueden ser almacenados a temperaturas por debajo de 10ºC porque se producen daños por frío los cuales se manifiestan en zonas negras, necrosadas en la corteza. Por ello los limones se almacenan normalmente entre 10-12ºC.

El limón se recoge cuando tiene un color verde claro, terminándose de colorear en almacenaje con un 95% de humedad relativa. Esta humedad relativa debe de mantenerse tan alta como sea posible, normalmente entre 85 y el 95% para evitar las pérdidas de agua que son mayores cuando el ambiente que rodea a la fruta es seco.

La utilización de atmósferas controladas proporciona algunos beneficios sobre los frutos, sin embargo no es muy utilizada por el alto coste.

Contrariamente a lo que se piensa, los cambios internos de calidad de los limones durante el almacenaje son bastante significativos. El contenido en jugo aumenta alrededor del 16% procedente principalmente del agua almacenada en la piel. El contenido en ácidos también aumenta y en 4 semanas el color de la piel cambia de verde claro a amarillo.

Los problemas más frecuentes suelen ser manchas negras y rojas en la piel provocadas por daños por frío. Las manchas marrones en la piel también aparecen por rotura de las células que contienen aceites esenciales durante el manejo del fruto. Son comunes la aparición de moho verde y azul.

- Problemas fisiológicos

a) Daños por frío
Incluyen pequeños hoyos, manchas negras y rojas en la piel. Estos daños pueden desembocar en la podredumbre del fruto.

b) Oleocelosis
La oleocelosis se produce cuando las células de la piel que contienen aceite se rompen durante la recolección o el manejo en el campo. El aceite inhibe la correcta coloración del limón y produce manchas en la piel. Un cuidadoso manejo del fruto reduce la incidencia de este problema.

c) Envejecimiento de la piel
La fruta que es cosechada tarde y llevada a almacenes donde se la mantiene durante largo tiempo a baja temperatura está sometida a una excesiva desecación que produce un oscurecimiento de la piel, al mismo tiempo que se ablanda y se arruga alrededor de la base.

- Problemas patológicos

a) Moho verde
Causado por el hongo Penicillium digitatum el cual penetra por la corteza hasta rodear el fruto. Los síntomas comienzan por la aparición de una zona acuosa en la superficie de la piel seguido por el crecimiento de un hongo sin color, que tiempo después se torna color verde.

b) Moho azul
Causado por el hongo Penicillium italicum el cual puede penetrar por la piel sana y extenderse de un limón a otros cercanos. Los síntomas son similares a los del moho verde pero se diferencian en que el moho es azul.