Les diferents varietats de tomàquet es poden englobar en 4 varietats botàniques: vulgare, cerasiforme, pyriforme, validum i grandiflorum, segons el tipus de fruit i planta. També es poden classificar segons l'ús del fruit (fresc o indústria), la forma del fruit, color, … Les normes de qualitat europees distingeixen quatre tipus comercials: ‘rodons llisos’, ‘asurcados’, ‘oblongos’ i ‘cirera’.

Dins de l'espècie del tomàquet es poden distingir les següents varietats botàniques:

-Varietat commune o vulgare, que es caracteritza per tenir fulles petites, amb nombrosos lóculos llisos o poc asurcados.
-Varietat cerasiforme: a aquestes varietats pertanyen els tomàquets cherry o cirera. Són plantes de fulles petites, amb fruits globulars de petita grandària.
-Varietat pyriforme: són fruits de forma aperada, normalment amb dues lóculos.
-Varietat validum: plantes de port erecto, compacte i de desenvolupament baix.
-Varietat grandiflorum: les plantes d'aquesta varietat es caracteritzen per tenir fulles amples i planes, amb pocs foliolos, normalment en nombre de 5, enters o poc hendidos i un baix nombre de foliolos secundaris.

Les diferents varietats de tomàquet també es poden classificar per criteris comercials; així podem parlar de tomàquets per a consum en fresc o per a indústria; de plantes de creixement determinat o indeterminat; amb diferents tipus de fruit (gran/ petit, llis/ acostillado, etc.); pel color del fruit, que poden ser vermells, rosats, grocs, etc. i per moltes altres característiques. En les normes europees de qualitat es distingeixen quatre tipus comercials de tomàquets: els ‘arrodoniments llisos’, ‘asurcados’, ‘oblongos o allargats’ i ‘cirera o cherry’.

Des de fa anys s'ha desenvolupat la tècnica d'obtenció i utilització d'híbrids, que bàsicament són tomàquets obtinguts de l'encreuament de dues varietats diferents, la qual cosa els confereix múltiples avantatges, com un major vigor de les plantes, produccions més altes, precocitat o millors qualitats del fruit.

Mitjançant millores genètiques s'han obtingut tomàquets denominats ‘llarga vida’. Es caracteritzen per tenir una major vida posrecolección, mantenint-se durant més temps en condicions adequades de sabor, consistència… per a la seva venda al públic.

Algunes de les varietats híbrides més utilitzades a Espanya són, per citar algunes, Bodar, Bond, Brillant, Carolina, Arturo, Atlanta, etc. No obstant això, en horts familiars encara es conreen varietats tradicionals com Cuarenteno, Mutxamel, Pometa, Valencià, etc.