Las condiciones óptimas para la conservación de los boniatos se establecen entre 11-15ºC y una humedad relativa del 85-90% durante varios meses. La conservación a temperaturas más bajas de 12ºC puede producir arrugamiento de las raíces, un color más marrón de la carne, huecos superficiales de pequeño tamaño y ataques criptogámicos secundarios.

En el hogar deben ser guardados en lugar fresco, seco, oscuro y bien aireado, donde se pueden conservar durante 7-10 días. La temperatura del ambiente no debe superar los 15ºC ya que pueden germinar o fermentar. Tampoco deben guardarse en el frigorífico, ya que su sabor se altera por el frío. Una vez cocinadas sí pueden guardarse en el frigorífico una semana e incluso más tiempo si se congelan.

El preenfriamiento no se realiza en esta especie puesto que inhibiría el proceso de cicatrización de heridas. Por el contrario, inmediatamente tras la cosecha se somete a temperaturas mayores que las idóneas para un almacenamiento prolongado, lo que se denomina "curado". El "curado" se realiza previamente a la comercialización o almacenamiento y permite la cicatrización de los tejidos dañados durante la recolección que de lo contrario serían una auténtica vía de pérdida de agua y de entrada de microorganismos. El tejido de cicatrización, una vez puestos a curar, se genera a los dos o tres días. Las condiciones óptimas de curado son recintos ventilados donde se mantienen temperaturas de 30ºC y una humedad relativa del 85-90% durante 4-7 días. Una vez acabado este proceso los boniatos deben enfriarse hasta unos 13 ó 15ºC, idóneas estas temperaturas para su conservación.

La brotación que se produce durante el almacenamiento se puede impedir o reducir mediante inhibidores del crecimiento como la hidracida maleica que también lo es para la cebolla. Sin embargo, en España no hay inhibidores específicos de boniato.

Para frenar el desarrollo de hongos en boniatos ya recolectados es interesante el uso de algunos fungicidas (en España no existen fungicidas registrados para aplicar en posrecolección de boniato).

Esta especie se adapta a una conservación prolongada en el caso de que cumplan un adecuado curado previo, que no hayan tenido excesiva humedad en el suelo en los días previos a la recolección, que no hayan estado expuestos a daños por frío, y que el curado se haya realizado en los dos días posteriores a su recolección. Las condiciones óptimas para la conservación de los boniatos se establecen entre 11-15ºC y una humedad relativa del 85-90%. Las temperaturas de 10ºC no causan daños si el periodo de exposición es corto. Pero con varios días a esta temperatura aparecen síntomas de daños por frío. Las temperaturas superiores a los 15ºC resultan perjudiciales pues estimulan la brotación, el ahuecamiento de la médula y la manifestación de una enfermedad producida por un virus que recibe el nombre de "corcho interno".

Las atmósferas controladas no es una técnica recomendada en la conservación de esta especie.

Las mismas condiciones ambientales recomendadas para la conservación favorecen el mantenimiento de la calidad durante el transporte y distribución de los boniatos.

El transporte de éstos desde mercados transoceánicos se realiza por mar y las condiciones idóneas son las mismas que para el almacenamiento bajo condiciones controladas. El manejo debe ser cuidadoso para las heridas, que difícilmente cicatrizarían en las condiciones de la temperatura del transporte.

Los boniatos presentan una tasa de respiración baja similar a la de las cebollas y las patatas maduras. Se trata de una especie sensible al frío, por lo que las temperaturas de conservación apropiadas son mayores a 5ºC.

Las principales causas de pérdidas en posrecolección son: daños mecánicos, enfermedades, emisión de brotes y raíces, deshidratación, daños por frío, daños por congelación y otras alteraciones fisiológicas (ahuecamiento y colapso interno), ataques de insectos, evolución de carbohidratos, respuesta al etileno , y curado.

Daños mecánicos

Se trata de una especie muy sensible a sufrir daños durante la recolección y manipulación. Los daños debidos a golpes, aún sin afectar la conservación, se han de evitar al máximo dado que serán evidentes a la hora de comercializar el producto.

Enfermedades

Durante el almacenamiento son múltiples las enfermedades que pueden afectar a los boniatos. Éstas son: Podredumbre blanda (Rhyzopus), Podredumbre negra (Ceratocystis fimbriata), Costra o Momificado del boniato (Monilochaetes infuscans), Podredumbre por moho azul (Penicillium), Podredumbre carbonosa (Macrophomina phaseoli), Podredumbre seca (Diaporthe batatitis), Podredumbres del extremo (Diaporthe, Fusarium), Podredumbres superficial (Fusarium oxysporum), Podredumbre del pie (Plenodomus destruens), Podredumbre del moho gris (Botrytis), Corcho interno (virosis), Podredumbre negra de Java (Diplodia tubericola), Necrosis jaspeada o Podredumbre anular (Pythium ultimum y P. scleroteichum) y Podredumbre por Mucor.

La Podredumbre blanda (Rhizopus) constituye la principal enfermedad durante el almacenamiento, tránsito y comercialización del boniato. Todos los boniatos son susceptibles a desarrollar esta enfermedad. El parásito penetra por las heridas producidas durante el manejo, de ahí la importancia de su buen desarrollo. Los primeros síntomas son el ablandamiento y acuosidad del tejido afectado, sin cambio de color. Si se realiza un corte y se presiona se observa la exudación de un líquido color pardo amarillento con olor a fermentación. Con el paso del tiempo estos tejidos afectados se vuelven de color canela a pardo, al tiempo que se desecan debido a la pérdida de agua y se vuelven firmes. Puede ocurrir incluso que en condiciones muy secas el boniato llegue a momificarse. Generalmente las piezas infectadas van afectando a todo el tejido, sin embargo, existen ocasiones en que la infección se detiene permaneciendo sano una parte del boniato. La enfermedad se identifica por el desarrollo de un micelio superficial gris provisto de esporangios (órgano portador de esporas, semejante a una cabecita de alfiler redonda) negros.

La Podredumbre negra (Ceratocystis fimbriata) es una de las enfermedades más serias y difundidas del boniato. Los primeros síntomas son manchas superficiales, ligeramente deprimidas, de color pardo y de forma circular. Suelen tener un diámetro de medio centímetro durante los primeros días y evolucionan hasta alcanzar diámetros de 1 a 5 centímetros de color negro a negro verdoso y a menudo con puntitos negros.

La Costra o Momificado del boniato es causada por Monilochaetes infuscans. Produce en almacenamiento la desecación y momificación de las raíces. Este proceso se suele desarrollar lentamente, salvo en ambientes cálidos y secos. Bajo este tipo de condiciones aparecen además grietas que en 4 ó 6 semanas desvalorizan el total del producto.

La Podredumbre por moho azul (Penicillium sp.) se presenta a menudo en boniatos que han sufrido daños por congelación o por frío. Las esporas del hongo penetran por heridas u otros tipos de daños en los tejidos (ataques por otros patógenos). Los síntomas afectan a grandes zonas de las raíces , incluso llegando a afectar a la totalidad de la pieza en aquellas que han sido dañadas por frío. El micelio característico del hongo es de color blanco y verde-azulado.

La Podredumbre carbonosa es producida por el hongo Macrophomina phaseoli. Las heridas producida durante la recolección constituyen una vía de acceso para el hongo. Los síntomas externos iniciales son la aparición de manchas de color pardo claro en la superficie y tejidos internos. Su tamaño y forma varía, pero es común la presencia de una línea nítida de separación entre los tejidos enfermos y sanos. Conforme avanza la enfermedad la piel se arruga y el tejido afectado toma un color pardo oscuro, permaneciendo firme su textura.

Finalmente, la raíz se momifica, apareciendo dura, negra y seca.

En la Podredumbre seca (Diaporthe batatitis) los síntomas se manifiestan desde el inicio de la infección. Estos síntomas son la aparición de una podredumbre firme de color pardo oscuro. A medida que el patógeno se desarrolla los tejidos afectados pierden agua rápidamente y se secan, de manera que se vuelven negros y duros. Las superficies y tejidos adyacentes a estas zonas se cubren rápidamente de puntitos negros.

Las Podredumbres del extremo pueden ser causadas por varios organismos, entre ellos el Diaporthe y varias especies de Fusarium. Estos hongos penetran por heridas o tejidos debilitados y pueden causar varios tipos de síntomas, entre los que destaca una podredumbre firme y seca caracterizada por la desecación de los extremos de los boniatos.

La Podredumbre superficial es causada por Fusarium oxysporum. Los primeros síntomas son manchas pequeñas, superficiales, circulares, de color pardo claro. De forma progresiva se van agrandando y la superficie se torna algo más deprimida, con poco cambio en la coloración. La enfermedad avanzada presenta manchas de color pardo claro, perímetro circular, una profundidad que no supera el medio centímetro y no presenta mohos y cuerpos fructíferos en su superficie.

La Podredumbre del pie es causada por el hongo Plenodorum destruens. Los síntomas se manifiestan plenamente en posrecolección. Las piezas enfermas muestran una podredumbre de textura firme a esponjosa de color pardo-oscuro con un arrugamiento en los tejidos afectados.

La Podredumbre por moho gris es producida por Botrytis sp. La infección se produce por las heridas, por lo que es común que el ataque se presente por los extremos. El tejido enfermo presenta un color pardo grisáceo y está moderadamente blando, emitiendo un olor amiláceo.

El Corcho interno es una infección de origen virósico. Los síntomas que presentan los boniatos infectados son una serie de manchas en el interior de la pulpa de forma y tamaño irregular, de color pardo a negro y de consistencia dura y corchosa. El tejido adyacente permanece sano. En la superficie del boniato no se manifiestan síntomas, salvo, a veces, una ligera depresión en la piel que indica la presencia de una mancha de corcho debajo.

La Podredumbre negra de Java es causada por Diplodia tubericola. En estados iniciales la podredumbre es de color pardo y moderadamente firme. A medida que el resto de tejidos se ven invadidos, la parte central de la zona afectada se vuelve de color pardo más claro, y en la parte superficial se observa una rugosidad.

La Necrosis jaspeada o Podredumbre anular se origina a partir de heridas de recolección por Pythium ultimum y P. scleroteichum. Presenta unos primeros síntomas que consisten en manchas pequeñas, hundidas, de color pardo grisáceo, alrededor de los puntos de unión de las raíces secundarias. Con temperaturas bajas se desarrolla una podredumbre blanda de color gris. Bajo condiciones de temperaturas relativamente altas los síntomas son vetas o manchas de color pardo grisáceo a pardo rojizo, a las que se suman pequeñas concavidades en la carne. Un tercer tipo de síntoma que se puede producir es la aparición de una podredumbre superficial pardo-grisácea que se desarrolla formando una banda alrededor del boniato.

La Podredumbre por Mucor es causada por el hongo Mucor racemosus. Los boniatos son infectados a través de heridas sin cicatrizar o de raicillas muertas. los tejidos afectados aparecen húmedos, blancuzcos, y al inicio de la infección tienen un olor amiláceo característico. Posteriormente se tornan esponjosos y al partirlos aparece una consistencia fibrosa. Los síntomas a simple vista son semejantes a los producidos por Rhizopus por lo que hay que recurrir al microscopio.

Emisión de brotes y raíces

Un ambiente excesivamente húmedo induce la brotación de los boniatos.

Deshidratación

La pérdida de agua es la principal causa de pérdida de peso y tiene como consecuencia un ablandamiento y arrugamiento del producto, que pierde su aspecto fresco. La principal causa de pérdida de peso es la transpiración. Durante el curado es cuando se produce la mayor pérdida de peso, durante el almacenamiento esta pérdida continua pero más lentamente.

Daños por frío

Los boniatos sufren daños por frío si permanecen durante 10 o más días a temperaturas inferiores a 12-13ºC. Estos daños se manifiestan externamente por la aparición de zonas "picadas" que, en ataques severos se unen y forman lesiones desarrollándose infecciones fúngicas. En el interior el síntoma principal es un cambio de color , aunque también se producen cambios en la textura y el sabor. En el interior aparecen manchas dispersas de color pardo a negro claro asociadas al anillo vascular. Los boniatos dañados por frío son susceptibles a verse afectados por patógenos; entre los más frecuentes se hallan el Mucor, moho azul y moho gris.

Daños por congelación

La temperatura de congelación de los boniatos es relativamente baja (-1,6ºC) comparada con la de otras hortalizas. Los daños por congelación se manifiestan por un cambio de color del anillo vascular que cambian de pardo a amarillento. Los restantes tejidos aparecen como embebidos en agua y de color verde-amarillento.

Si la exposición a temperaturas de congelación ha sido larga, los tejidos se colapsan y la pieza se vuelve blanda y flácida, al tiempo que se libera agua.

Otras alteraciones fisiológicas

Entre ellas se hallan el ahuecamiento y el colapso interno. El ahuecamiento consiste en la formación en el interior de la raíz de cavidades huecas. Ocurre cuando la pérdida de peso excede la pérdida de volumen. El colapso interno es una alteración que afecta ocasionalmente durante el almacenamiento. El corte de los tejidos aparecen secos y esponjosos, formándose cavidades en la parte central de la raíz. Las zonas esponjosas tienen un color blanco o amarillo pálido y su textura es algodonosa.

Ataques de insectos

Durante el almacenamiento pueden sufrir el ataque de insectos. Cylas formicarius, el gorgojo del boniato o "piche", se encuentra distribuido por África, Asia, Islas del Pacífico y Norte y Sudamérica.

Evolución de los carbohidratos

Los carbohidratos (almidón y azúcares) son el componente principal de los boniatos y su evolución durante el almacenamiento depende de la temperatura y de las características varietales.

En esta especie la temperatura condiciona el equilibrio almidón-azúcares. A temperaturas bajas se produce una acumulación de azúcares, de los cuales la sacarosa es el principal. En esta especie este fenómeno no constituye un hecho negativo ya que el sabor dulce es una característica deseable. Sin embargo, las temperaturas bajas inducen daños por frío que anulan las ventajas de un mayor dulzor.

Respuesta al etileno

Los boniatos tienen normalmente una baja tasa de producción de etileno y también baja sensibilidad a él, por lo que su concentración en la atmósfera no constituye un problema. Sin embargo, este compuesto es capaz de producir cambios en posrecolección. La presencia de concentraciones elevadas en el ambiente de conservación induce la aparición de sabores y olores desagradables y afecta al color. Se ha comprobado, sin embargo un efecto positivo ya que mediante la aplicación de etileno se reducen los daños por frío y una mayor resistencia al ataque del hongo Ceratocystis fimbriata.