Existeixen moltes varietats de llimones i moltes vegades les diferències entre llimones d'una mateixa varietat són majors que les diferències existents entre dues varietats diferents. Les varietats més importants conreades a Espanya són Verna i Fi, encara que la varietat Eureka és la més utilitzada en els cultius d'Àsia i Sud-amèrica.

Existeixen nombroses varietats de llimones que encara que s'apreciïn variacions de característiques entre elles, no existeixen les mateixes diferències entre els fruits com les quals hi ha entre les diferents varietats de taronges i mandarines. Moltes vegades resulta impossible distingir una varietat d'una altra ja que la variació que pot existir entre els fruits d'un mateix arbre és tan gran com la qual pugui donar-se entre fruits de diferents varietats.

Les varietats més importants són Verna i Fi la distribució del qual en superfície a Espanya és aproximadament del 90%, corresponent la resta a les varietats Eureka, Lisbon i Villafranca.

L'origen de la varietat Verna és espanyol. La seva producció representa un 70%, és a dir entorn de les 654.000 tones i es conrea sobretot a Alacant i Murcia. La varietat Fi prové d'una antiga varietat espanyola conreada entorn del riu Segura. És la varietat més precoç d'Espanya i representa un 20% de la seva producció.

La varietat Eureka és la més conreada fora de l'àrea Mediterrània, fonamentalment a Califòrnia, Austràlia, Sud-àfrica, Argentina i Israel. La varietat Lisbon és d'origen australià, conreat en grans àrees del desert d'Arizona. La varietat Villafranca encara té importància en zones com Israel, però està sent desplaçada per altres varietats.

Altres varietats són ’Primofiori’, ‘Interdonato’, ‘Femminello’ que engloba a diferents llimones que constitueixen la major part de la producció de llimones d'Itàlia, ‘Gènova’, ‘Italian’, ‘Lapithkiotiki’, i ‘Meyer’.

Descripció d'algunes varietats:

‘Fi’
El fruit és esfèric o ovalat, amb un mugró curt, d'escorça llisa i prima. La polpa és sucosa amb alt contingut en suc i poques llavors. L'arbre és vigorós, productiu i posseeix espines.

‘Verna’
És un fruit de grandària mitjana o gran, amb un mugró pronunciat i coll ben desenvolupat. L'escorça és gruixuda, rugosa i irregular, però la polpa és tendra i el seu suc té una adequada acidesa, encara que sigui menys abundant que en altres varietats.

‘Eureka’
El fruit posseeix una escorça de grossor mitjà o prim, normalment llisa, encara que presenta alguna rugosidad sobretot si es conrea en climes mediterranis. Aquesta llimona conté molt poques llavor i el seu suc posseeix un elevat nivell d'acidesa.

‘Lisbon’
El fruit és molt similar al de la varietat Eureka, encara que posseeix un mugró menys pronunciat i la textura de l'escorça és més rugosa. Els nivells de suc i la seva acidesa són semblats als de l'Eureka.

‘Villafranca’
És un fruit que presenta més llavors que la varietat Eureka. Encara que és un arbre més vigorós que aquest últim quan són adults és molt difícil diferenciar ambdues varietats.

‘Primofiori’
Fruit de forma arrodonida o ovalada, amb un mugró curt, escorça llisa i fina i polpa sucosa amb poques llavors.

‘Interdonato’
El fruit és gran, allargat i llis, encara que pobre en suc. La seva pell és prima, i la polpa està dividida en 6-7 grillons amb poques llavors.

‘Femminello’
Aquesta varietat engloba a diferents seleccions de llimones de grandària mitjana, escorça bastant gruixuda i contingut en suc menor que altres varietats, però m
‘Gènova’
És una varietat conreada a Amèrica del Sud. El fruit és d'escorça llisa, polpa sucosa i àcida.

‘Lapithkiotiki’
És la varietat de llimona més important en la costa nord de Xipre. El fruit posseeix una pell fina i una polpa molt sucosa amb poques llavors.

‘Meyer’
És un híbrid de llimoner, taronger i mandarino. És un fruit molt similar a la taronja, de grandària gran i forma arrodonida, amb un petit mugró. L'escorça és de color ataronjat groguenc, llisa, tova i prima manca de l'aroma característica de la llimona. La polpa és de color groc fosc, molt sucosa i tendra amb al voltant de 10 llavors en el seu interior.