El almacenamiento se suele utilizar en países de inviernos rigurosos y en que el consumo tiene gran importancia. Tal es el caso de Francia, donde la conservación tiene por objeto aprovisionar el mercado de este producto de abril a mayo en base a la cosecha de otoño. El local de almacenamiento puede ser un sótano donde las temperaturas no alcancen niveles de congelación o recintos provisionales construidos sobre el terreno. Las piezas se colocan en cajas conteniendo arena o musgo húmedo.

Las atmósferas modificadas tienen escaso uso a nivel comercial en esta especie. Aún así, las condiciones recomendadas son una temperatura de 0 ºC y una concentración de gases del 2-4% para el oxígeno y de 2-3% para el anhídrido carbónico.

La temperatura media recomendada para la distribución de este producto es entre 10 y 20ºC. Para la distribución es necesaria una humedad y aireación media.

Entre las alteraciones que pueden afectar al apio nabo se hallan la pérdida de peso y las enfermedades parasitarias.

La pérdida de peso en apio nabo conservado a 1ºC y con una humedad relativa del 95% es sobre el 1% semanal. Una fertilización potásica elevada parece que reduce la pérdida de peso durante el almacenamiento.

Entre las enfermedades parasitarias la que más afecta al apio nabo es la Podredumbre por Sclerotinia. El hongo que la produce es S. sclerotiorum y se desarrolla rápidamente afectando al bulbo y cubriéndolo de un fieltro blanco. Esta enfermedad se puede desarrollar durante el cultivo y por tanto durante el almacenamiento pueden haber piezas con síntomas de ataque que favorezcan el desarrollo de la enfermedad durante la conservación.