Los nabos tienen una conservación difícil. Los recolectados en invierno (los más comunes), se deben dejar secar al aire libre unos cuantos días, eliminando las hojas. Después se pueden guardar en zonas frescas y oscuras, recomendándose en la agricultura tradicional cubrirlos de arena.

En el hogar los nabos deben ser conservados en el frigorífico en bolsas perforadas, pudiendo ser conservados en estas condiciones 1-3 semanas. Su conservación puede ser aumentada llevando a cabo la congelación pero realizando un escaldado previo, cocinado o puré.

Un rápido descenso de las temperaturas impide la manifestación de síntomas ocasionados por daño, en su mayoría magulladuras. Estos daños son frecuentes durante la recolección mecánica.

El método más adecuado es la hidrorefrigeración. Los "nabos de otoño" son los que poseen mayor aptitud para ser conservados, mientras que los "nabos de mayo", Hemisferio Norte, pueden almacenarse sólo durante algunas semanas, lo que debe realizarse en todos los casos bajo condiciones de elevada humedad relativa y a temperaturas que oscilen entre los 0 y 1ºC.

Las mismas condiciones ambientales recomendadas para la conservación favorecen el mantenimiento de la calidad durante el transporte y distribución de los nabos.

La vida posrecolección de esta especie puede verse alterada por brotación, daños por congelación, magulladuras, y enfermedades. También se suman cambios composicionales en el caso del almidón y azúcares que disminuyen durante el almacenamiento.

Durante la conservación se produce la brotación de los nabos, fenómeno éste que puede verse controlado mediante aplicaciones de hidracida maleica.

Cuando la temperatura desciende de -1ºC se producen daños por congelación. Estos se manifiestan a través de pequeños hoyos en la superficie, arrugamiento y podredumbres.

Las magulladuras ocasionadas por golpes son muy frecuentes en esta especie, siendo evidentes los daños en posrecolección.

Las enfermedades ocasionadas por hongos más comunes en esta especie son: Moho gris, ocasionado por Botritis cinerea; Podredumbre por Rhizoctonia, ocasionada por R. solani; Podredumbre blanda acuosa, causada por Sclerotinia sclerotiorum; Antracnosis, causada por Colletotrichum higginsianum y, finalmente, Podredumbre por Alternaria, causada por A. herculina.
Las enfermedades bacterianas más importantes que se producen en los nabos son Podredumbre negra, causada por Xanthomonas campestris; y la podredumbre blanda debida a Erwinia spp.