Existeixen moltes varietats procedents de mutacions entre diferents espècies però podem classificar la majoria de les mandarines en tres grups: mandarines ‘Satsuma’, mandarines ‘Clementines’, mandarines comunes i un quart grup on s'englobarien la resta de mandarines.

Existeixen nombroses varietats que s'han originat per mutacions espontànies o per creus amb altres cítrics.

És molt difícil realitzar la classificació botànica dels mandarinos pel que una forma senzilla de realitzar-la és seguint criteris comercials, així es divideixen en 4 grups: mandarino ‘Satsuma’, mandarinos ‘Clementinos’, mandarinos comuns i un quart grup d'altres mandarinos.

- Mandarino ‘Satsuma’
Es coneix amb aquest nom al grup de mandarinos originaris de Japó i constitueixen la major part de les plantacions d'Espanya i Japó. De totes les mandarines, és la mes resistent al fred.

Les ‘Satsumas’ s'utilitzen a nivell industrial per a la fabricació de conserva de grillons en almívar o en suc natural ja que manquen de llavors. Espanya i Japó són els màxims exportadors de conserves de grillons de mandarina.

Les mandarines d'aquesta varietat són les primeres a madurar però es caracteritzen perquè el contingut en àcids del fruit descendeix ràpidament una vegada aconsegueix la maduració, la qual cosa les fa menys apetecibles que altres varietats. La demanda d'aquestes varietats comença a decréixer quan comença l'època de maduració de les ‘clementines’.

Les varietats més importants d'aquesta mandarina són ‘Owari’, ‘Clausellina’ i ‘Okitsu Wase’

- Mandarinos ‘Clementinos’
Amb el nom de Clementines es coneix un grup de mandarines les característiques comercials de les quals són les mateixes: grandària del fruit entre petit i mitjà i l'origen del qual és el mandarino comú.

Un inconvenient d'aquesta varietat és la seva alternança en la productivitat, uns anys proporcionen una forta producció de fruits de petit calibre i a l'any següent la producció és baixa amb fruits de calibre major.

Les varietats que destaquen dins d'aquest grup són ‘Fina’, ‘Clemenules’, ‘Oroval’, ‘Marisol’, ‘Oronules’, ‘Esbal’, ‘Clemenpons’, ‘Loretina’, i ‘Hernandina’.

- Mandarinos ‘Comuns’
Dins d'aquest grup s'engloben tots els mandarinos d'origen mediterrani i que pràcticament es troben en camps d'explotació familiar. Es caracteritzen per les seves bones qualitats organolépticas però la presència de llavors i la seva escassa conservació fa que al mercat mundial no tinguin molta importància, encara que si la tenen en el comerç local d'alguns llocs.

- Altres mandarinos
Dins d'aquest grup s'engloben els mandarinos resultants del creuament entre espècies. Algunes de les varietats d'aquest grup posseeixen característiques comercials interessants, com per exemple la mandarina ‘Ortanique’. Les varietats d'aquest grup solen tenir la pell més pegada a la pullpa. Dins d'aquest grup les varietats tardanes més importants són híbrides.

Descripció d'algunes varietats:

‘Owari’
Pertany al grup de les ‘Satsumas’. Fruit de grandària mitjana – petita, amb elevat contingut en suc, de color taronja poc intens, de forma aplanada, i de vegades la zona d'unió amb la branca té una forma aperada. És una mandarina d'escassa qualitat.

‘Clausellina’
Pertany al grup de les ‘Satsumas’. La grandària és superior al de la varietat ‘Owari’ encara que la seva qualitat és menor ja que és menys dolça. És una varietat molt precoç ja que pot recol·lectar-se a mitjan mes de setembre en l'Hemisferi Nord.

‘Okitsu wase’
Fruit del grup de les ‘Satsumas’. El fruit d'aquesta varietat és més aplanat i més gran que les varietats Owari i ‘Clausellina’. De maduració més precoç, en alguns llocs d'Espanya comença a recollir-se a mitjan setembre.

‘Fina’
Pertany al grup de ‘Clementines’. El fruit és de grandària petita, de gran qualitat, alt contès en suc molt dolç, amb un bon nivell d'acidesa, sense llavors i posseeix un fort i agradable aroma.

‘Clemenules’
Pertany al grup de ‘Clementines’. És una mutació de la varietat Fina. El fruit és de major grandària que la varietat Fina, d'escorça alguna cosa rugosa i bon contingut en suc sense llavors. La seva qualitat és inferior a la ‘Fina’. La seva maduració és posterior a la de la ‘Fina’.

‘Oroval’
Pertany al grup de les ‘Clementines’. És una altra mutació genètica de la varietat Fina. És un fruit de bona grandària i coloració, d'escorça rugosa que en molts casos tendeix a accentuar-se. El seu contingut en suc és elevat, sense llavors encara que alguna cosa àcid. La seva recol·lecció pot iniciar-se a mitjan octubre, encara que no aguanta molt temps en l'arbre.

‘Marisol’
Pertany al grup de les ‘Clementines’. És una mutació genètica de la varietat Oroval. El fruit és similar al de la varietat Oroval encara que la seva forma és més esfèrica, amb una escorça més rugosa i de menor qualitat.

‘Oronules’
Pertany al grup de les ‘Clementines’, és de maduració precoç i pot començar a recollir-se a principis d'octubre a Espanya. El fruit és de grandària petita, de forma esfèrica, de color molt intens, sense llavors i de molt bones condicions comercials.

‘Esbal’
Pertany al grup de les ‘Clementines’, i madura uns dies abans que la ‘Fina’. És una mutació genètica de la varietat Fina. El fruit és més gran que el de la ‘Fina’ i presenta molt bon sabor i una polpa molt tendra.

‘Clemenpons’
Pertany al grup de les ‘Clementines’. És una mutació genètica de la mandarina ‘Clemenules’. El fruit és similar al de la varietat Clemenules

‘Loretina’
Pertany al grup de ‘Clementines’ i prové d'una mutació genètica de la mandarina ‘Marisol’. El fruit és petit, de color intens, amb una escorça una miqueta rugosa de bones condicions organolépticas sense llavors.

‘Hernandina’
Pertany al grup de les ‘Clementines’. És una mutació genètica de la varietat ‘Fina’ i el seu fruit és molt similar al fruit de la varietat de la qual procedeix sense llavors. En alguns dels fruits d'aquesta varietat el desenvolupament del color no es produeix totalment quedant la zona d'unió amb la branca d'un color lleugerament verd.

Mandarinos ‘Comuns’
Són fruits rodons aplanats pels pols de pell fina sense adherir a la polpa, llisa acolorida en taronja-groguenc. El fruit té un agradable perfum encara que posseeix nombroses llavors.

‘Ortanique’
Pertany al grup d'altres mandarines i realment és un tangor perquè procedeix de l'encreuament entre taronja i mandarina. El fruit és gran, amb poques llavors, de pell color vermell-ataronjat i es recull a la fi de maig.