La papaya se conserva en condiciones óptimas a una temperatura entre 7 y 13ºC, según el estado de madurez, y una humedad del 90-95%. Se pueden usar aplicaciones de etileno para acelerar y uniformizar la maduración. También se pueden usar tratamientos por calor para eliminar los insectos posibles.

Las condiciones óptimas de conservación de la papaya varían según el estado de madurez en que se cosechen. Si se cogen verdes o con un cuarto de su superficie de color amarillo se deben mantener a 13ºC. Si están parcialmente maduras (entre ¼ y ½ de su superficie de color amarillo), la temperatura debe bajarse a 10ºC. Si están maduras (más de la mitad de la piel amarilla) la temperatura óptima es de 7ºC. La humedad relativa óptima en todos los casos es del 90-95%.

La papaya responde a la aplicación de etileno. Si se expone a una atmósfera con 100ppm de este gas, entre 20 y 25ºC y con una humedad del 90-95% durante 24-48 horas la maduración es más rápida y más uniforme.

Si se usan atmósferas modificadas se puede retrasar la maduración y mejorar la firmeza del fruto. Las condiciones óptimas son de 3-55% de oxígeno y 5-8% de dióxido de carbono. En estas condiciones y con una temperatura de 13ºC pueden conservarse hasta 5 semanas, mientras que en atmósfera normal el máximo es de 4 semanas.

Se pueden usar tratamientos de calor para controlar los insectos. Existen varios métodos:

Agua caliente: 30 minutos a 42ºC seguidos de 20 minutos a 49ºC.
Vapor de agua: para ello se alcanza una temperatura de 44,4ºC y se mantiene durante más de 8 horas.
Aire caliente: a intervalos de dos horas se tratan las papayas durante a 43ºC, 45ºC, 46,5º y por último a 49ºC.

Las papayas pueden sufrir diferentes problemas como alteraciones fisiológicas durante su conservación producidas por un exceso de frío o calor. También pueden verse afectadas por enfermedades como Colletrotichum gloesporioides, Poma caricae-papayae, Phomopsis caricae-papayae y Phytophthora nicotianae.

Entre los diversos problemas que pueden sufrir las papayas durante su conservación están los daños mecánicos y diversas alteraciones fisiológicas y enfermedades.

La piel de la papaya es delgada y ofrece una protección escasa; fácilmente se daña por roces, golpes o cortes.

Entre las alteraciones fisiológicas están:

Abrasiones de la piel: se caracteriza por la aparición de zonas que quedan de color verde al madurar y que se rompen acelerando la pérdida de agua.

Daños por frío: producen la aparición de hoyuelos en el fruto, manchas, maduración desigual, escaldadura de la piel y aparición de áreas endurecidas en la pulpa que se vuelve acuosa. Las papayas verdes son más susceptibles que las maduras.

Daños por calor: si se exponen las papayas a temperaturas por encima de 30ºC durante más de 10 días se producen alteraciones como maduración irregular y ablandamiento excesivo. Estos daños se minimizan con un enfriamiento rápido a 13ºC tras el tratamiento por calor.

Entre las enfermedades que afectan a la papaya durante la conservación están las siguientes:

Antracnosis: la origina el hongo Colletrotichum gloesporioides y es la principal causa de pérdidas en poscosecha. Produce lesiones pequeñas, marrones y superficiales que pueden alcanzar 2,5cm o más.

Poma caricae-papayae es un hongo que afecta al pedúnculo del fruto, volviéndolo marrón o negro.

Phomopsis caricae-papayae afecta al fruto volviendo la piel de color negro y ablandándola.

Phytophthora nicotianae es un hongo que produce zonas acuosas en el fruto que posteriormente se recubren de una pelusilla de color blanco.

Las estrategias de control de estas enfermedades son un manejo cuidadoso para reducir los daños mecánicos, refrigerar el producto lo antes posibles, aplicar funguicidas como tiabendazol y sumergir los frutos en agua caliente a 49ºC durante 20 minutos.