Després de la recol·lecció del blat de moro ha de realitzar-se un pre-refredament fins a nivells entre –1 i 0ºC i si s'emmagatzema fins a dues setmanes a 0ºC i 95% d'humitat relativa.

És important baixar la temperatura del producte el més ràpidament possible a nivells entre –1 i 0ºC, és a dir que el pre-refredament és molt necessari a causa que l'activitat metabòlica és molt alta, els sucres es converteixen en midó i el sabor dolç es va perdent, a més, es produeix molta calor, podent arribar a produir-se fermentacions si es retarda el descens de temperatura. El pre-refredament pot ser amb aire humit, aigua o buit.

El blat de moro dolç normalment no s'emmagatzema, encara que pot fer-se durant períodes curts quan existeixi un excés d'oferta al mercat. La temperatura òptima és de 0ºC i la humitat relativa del 95%, podent-se conservar en aquestes condicions fins a dues setmanes.

Quant a les atmosferes modificades existeixen diverses opinions a prop dels seus efectes segons autors. Així per exemple, Kader et al. (1985), autors nord-americans, consideren que una atmosfera modificada amb una concentració del 2-4% d'oxigen i del 10-20% d'anhídrid carbònic té un efecte bo (grau 2, en una escala d'1 a 4, on 1 és un efecte benèfic màxim), però indiquen que al seu país l'ús a nivell comercial és escàs.

A causa de l'alta activitat metabòlica del blat de moro dolç la seva conservació està limitada. Els principals factors que intervenen en la pèrdua de qualitat són la degradació de sucres, dessecació, abolladura dels grans, amarilleamiento de les bràctees i algunes malalties.

Degradació de sucres
La degradació de sucres es considera un factor important en la disminució de la qualitat del blat de moro dolç hagut de precisament al fet que el dulzor és molt benvolgut en el mateix. La temperatura recomanada per ralentir el procés de degradació de sucres durant l'emmagatzematge és de 0ºC, ja que conforme augmenta la temperatura, la degradació de sucres també ho fa. Així, a 10ºC és de 3 a 4 vegades més ràpida que a 0ºC, 6 vegades a 20ºC, 12 a 30ºC i 24 a 40ºC. No obstant això, la rapidesa de la degradació de sucres depèn a més, de la varietat, de manera que com més rica en sacarosa sigui, més perllongat pot ser l'emmagatzematge, és a dir, que les varietats superdulces presenten menor pèrdua de qualitat quan no se'ls pre-refreda ràpidament.

Dessecació
La dessecació es produeix per la pèrdua d'aigua dels grans de blat de moro. Per evitar-la, es recomana el preenvasado amb plàstic, ben estirable o retràctil, ja que tots dos mantenen la humitat relativa més alta (95-100%).

Abolladura dels grans
L'abolladura dels grans és una conseqüència directa de la pèrdua d'aigua, ja que perden la seva forma arrodonida i apareixen com abonyegats, disminuint la qualitat.

L'aplicació de gel picat sobre el producte, fa que baixi la temperatura i l'ambient es mantingui humit. Aquesta pràctica s'utilitza als Estats Units, encara que no a Europa.

Malalties
Els principals microorganismes que afecten a les panotxes de blat de moro en la posrecolección són bacteris i llevats en major mesura i fongs. Entre els bacteris poden trobar-se les Pseudomonas fluorescens, Flavobacterium sp., Xanthomonas sp. o Pseudomonas maltofila, Enterobacter agglomerans, I. cloacae i Serratia rubideae. Alguns llevats freqüents poden ser Rhodotorula sp., Criptococcus sp., Candida sp. i Kloeckera sp. Els fongs més freqüents són Penicilium oxalicum, P. expansum, P. funiculosum, Aspergillus niger i Cladosporium cladosporioides.