Les condicions adequades per a la conservació de la pastanaga són, en general, de 0 a 1ºC de temperatura i una elevada humitat relativa. El millor és aconseguir aquestes condicions el més ràpid possible mitjançant un preenfriamiento. Encara que el temps màxim de conservació depèn de la varietat i de les condicions, es poden arribar a conservar fins a 6 mesos.

Les millors condicions de conservació a llarg termini, fins a diversos mesos, són una temperatura de 0 a 1ºC i una humitat relativa de 95 a 98%, per reduir la pèrdua de pes i mantenir la qualitat original de l'arrel. El contingut en sucres solubles augmenta en aquestes condicions, amb un increment dels sucres reductors mentre la sacarosa es manté estable. La quantitat de carotenos no es veu afectada per les condicions creades, ja que roman constant durant tot el període. El mateix ocorre amb el contingut de fibres.

El manteniment de la qualitat del producte es beneficia d'un descens ràpid de la temperatura, que ha de portar-se a 5-8ºC. Aquesta pràctica evita també la manifestació de danys per cops ocorreguts durant la recol·lecció. El preenfriamiento per aigua és el mètode més idoni per a pastanagues.

Les pastanagues admeten un emmagatzematge relativament perllongat, encara que la durada concreta d'aquest, així com el tipus de conservació empleables, depenen del tipus de producte que es tracti. Les pastanagues amb fulles es comporten, a causa del fullatge, en forma similar a les hortalisses de fulla i només poden conservar-se uns pocs dies.

El producte collit abans de la maduresa (pastanagues tendres) és considerablement més perible que el que ha aconseguit aquest estat i, pel seu alt contingut en aigua, el més susceptible a perdre turgència. Les pastanagues madures, si bé admeten un emmagatzematge de fins a 6 mesos, solen comercialitzar-se, igual que les pastanagues amb fulles, en pocs dies. Les pastanagues inmaduras es conserven fins a 2 mesos.

La pastanaga pot adquirir sabors amargs en presència d'etilè, per la qual cosa no és convenient emmagatzemar o transportar pastanagues juntament amb altres productes que desprenen etilè, tals com a tomàquets, melons o pomes.

Durant el transport i distribució s'ha d'evitar la concentració d'etilè, ja que afecta molt a aquesta espècie. Les condicions idònies varien segons es tracti de transport marí o terrestre. La distribució de les pastanagues ha de fer-se a 5-10ºC i una humitat mitjana.

La pastanaga és molt sensible a l'etilè, per la qual cosa ha d'evitar-se el seu transport en càrregues mixtes amb espècies productores d'aquest gas. El transport terrestre d'aquesta hortalissa ha de fer-se a una temperatura no major de 20ºC, segons la durada del transport. El transport marítim ha de fer-se a 0ºC, amb una humitat relativa del 95-100%.

Quant a la distribució, es recomana una temperatura de 5 a 10ºC i una humitat i ventilació mitjanes. S'ha d'evitar la llum.

Les pastanagues poden presentar diversos problemes de conservació, tant provocats per condicions inadequades en la càmera, com una humitat relativa baixa, com per determinats fongs que produeixen pudriciones en les arrels emmagatzemades.

Les pastanagues poden presentar durant la seva conservació diferents alteracions fisiològiques o malalties:

Pansiment i pèrdua de pes: Es produeixen a causa de la pèrdua d'aigua, i es poden evitar en gran mesura en ambients saturats d'humitat.

Emissió de brots i arrels: durant l'emmagatzematge les pastanagues tendeixen a brollar i emetre arrels. Aquest procés es veu afavorit per les temperatures altes.

Erwinia és un bacteri que causa una podridura humida. Aquesta organisme infecta a través de ferides i fulles. La zona afectada es torna tova i humida i s'enfosqueix. La podridura avança ràpidament cap al centre de la peça.

Podridura tova aquosa: La causa el fong Sclerotinia. Els primers símptomes són lesions toves i aquoses, formant-se una pelusilla blanca i algodonosa que pot recobrir tota la peça. Sobre ella apareixen uns cossos negres, grans i de forma irregular.

Podridura grisa: És causada pel fong Botrytis, i es desenvolupa a través de les ferides realitzades durant la recol·lecció o la manipulació. S'observa sobre les pastanagues una pelusilla curta de color gris.

Podridura agra: La provoca el fong Geotrichum, que ataca a través de qualsevol zona amb teixit feble o afeblit. La zona infectada es descoloreix i es torna aquosa. Les pastanagues emeten olor a vinagre, i es forma una pelusilla blanca sobre la pastanaga.

Podridura negra: Causada pel fong Stemphylium, que cobreix amb una pelusilla negra les zones afectades.