Los colirrábanos se conservan poco tiempo. Las condiciones adecuadas son 0-1ºC y 90-95% de humedad. Si se eliminan las hojas se pueden conservar más tiempo, llegando incluso a los 3 meses.

En el caso de colirrábanos tempranos o cosechados en verano, con altas temperaturas, es importante la operación de preenfriamiento. Para ello se puede usar hielo o agua, aunque también se recomienda el enfriamiento por vacío en el caso de rábanos con hoja.

Los colirrábanos se conservan en general muy poco tiempo. La raíz debe eliminarse antes del almacenamiento. Las condiciones adecuadas son de 0-1ºC y una humedad relativa de entre el 90 y el 95%. De este modo se pueden conservar los colirrábanos hasta 4 semanas. El periodo de conservación puede ampliarse si se trata de colirrábanos sin hojas hasta 3 meses.

Para alargar estos plazos se pueden usar también atmósferas controladas. Manteniendo una concentración de oxígeno del 3% y de dióxido de carbono del 5%, colirrábanos deshojados pueden llegar a conservarse en condiciones hasta 4 meses.

Durante el transporte y distribución es conveniente mantener una humedad elevada para evitar la desecación de las piezas. La temperatura para viajes de pocos días no deberá superar los 20ºC. Para desplazamientos más largos deberá bajarse.

Para el transporte de los colirrábanos es recomendable mantener la temperatura baja, dependiendo de la duración del viaje. Así, para transportes de hasta 6 días se recomienda no superar los 20ºC. Para tiempos mayores la temperatura deberá ser más baja. La humedad relativa debe ser alta para evitar que las piezas se arruguen. Durante la distribución se debe tener en cuenta la aireación.

Durante el almacenamiento, el colirrábano puede presentar daños por enfermedades como la podredumbre bacteriana húmeda y la podredumbre negra. También puede sufrir pérdida de calidad por deshidratación o endurecimiento.

Aunque el colirrábano no suele almacenarse mucho tiempo, pueden presentarse diversos problemas como enfermedades.

Entre las más importantes están la podredumbre bacteriana húmeda y la podredumbre negra. La primera se caracteriza por la aparición de zonas blandas, que exudan líquido y que desprenden en general un olor agrio desagradable. La podredumbre negra está causada por la bacteria Xanthomonas campestris. Aparece normalmente en campo, y cuando estas piezas llegan a la cámara son infectadas por otros patógenos a través de las zonas afectadas.

Existen además factores que causan pérdida de calidad del producto, como son la deshidratación, causada por una humedad relativa insuficiente, y la lignificación, que produce el endurecimiento de la pieza por la formación excesiva de fibra.