Para una buena conservación es necesario un preenfriamiento. Almacenado a bajas temperaturas (-1, -2 ó –3ºC) y humedad relativa del 95% puede conservarse hasta dos meses.

Es importante bajar rápidamente la temperatura para disminuir la actividad metabólica del perejil, así como de otras hortalizas de hoja con el fin de mejorar la conservación. Durante el transporte puede utilizarse la aplicación de hielo para enfriarlo, esta es una técnica muy común en los Estados Unidos, sin embargo no utilizada en Europa. También puede realizarse un preenfriamiento por vacío, ya que las características en cuanto a relación superficie foliar/volumen lo permiten, aunque no resulta rentable debido a los volúmenes que se manejan.

Además de la temperatura, la humedad relativa influye en el tiempo de conservación. El perejil puede almacenarse de 1 a 3 semanas con hielo, con temperaturas entre -1 a 0ºC y una humedad relativa del 95% o puede extenderse hasta 2 meses. Incluso se puede conservar a –2 ó –3ºC para mantener el aroma.

Regulando los niveles de oxígeno y anhídrido carbónico (8-10%) de la atmósfera, es decir con atmósfera controlada, se mejora la conservación, pero a nivel comercial prácticamente no se utiliza.

El perejil puede perder valor comercial debido al ataque de plagas como minadores de las hojas, pulgones, etc. y enfermedades como mildiu y otros hongos.

El perejil puede ser atacado por diversas plagas que afectan a otras hortalizas como la zanahoria, el apio, etc. (mosca minadora del apio, pulgones diversos y otras) y enfermedades tales como el mildiu de las zanahorias, la septoria del apio y la causada por el hongo Cercospora petroselini, que produce unas manchas pardas en las hojas.