La ceba requereix diverses operacions prèviament al seu emmagatzematge. El primer pas és realitzar el tret, que afavorirà la seva conservació. També es poden tractar els bulbs per evitar el seu brotación, la qual cosa pot fer-se mitjançant productes químics o irradiació. La conservació es fa a 65-75% d'humitat relativa amb temperatures entorn de 0ºC.

Abans de la seva introducció en càmera, és important realitzar l'assecat o guarit de les cebes. L'objectiu d'aquest procés és dessecar el coll i les capes exteriors del bulb per protegir-ho contra possibles malalties. El contingut d'humitat ha de reduir-se en un 10%, la qual cosa equival a una pèrdua de pes del 3 al 10%. L'assecat es pot realitzar en camp si les condicions ambientals ho permeten (climes secs). En altres casos s'usen sistemes d'assecat artificial. Per a això s'usa aire forçat, ja sigui a temperatura ambienti o calenta.

Durant l'emmagatzematge és important evitar la brotación del bulb i l'emissió d'arrels. Per a això són adequades les baixes temperatures i les atmosferes modificades. No obstant això, en alguns casos s'usen altres mètodes com l'aplicació de productes químics i la irradiació. Entre els productes químics usats està la hidracida maleica, que s'aplica poc abans de la recol·lecció. La irradiació consisteix a exposar els bulbs a radiacions ionitzants de rajos gamma per inhibir l'emissió de brots. Per a això s'usen dosis molt baixes.

Després de la recol·lecció no sol fer-se preenfriamiento. Únicament és recomanable si es tracta de cebes tendres, ja que una ràpida baixada de temperatura ajuda a la seva conservació.

El temps de conservació de les cebes depèn de la varietat. Les cebes primerenques no poden conservar-se més de 4 mesos. Els bulbs s'emmagatzemen en piles a orri, en sacs apilats sobre palets, en caixes de camp o en palots. De qualsevol manera s'ha de permetre la ventilació en tota la superfície de producte.

L'emmagatzematge es pot fer de diferents formes. Es poden usar recintes d'emmagatzematge tradicionals. Aquest mètode s'usa en zones fredes i en els casos en els quals no es vol conservar molt temps els bulbs.

També s'usa la conservació sota ventilació forçada. Per a això s'usen ventiladors, que renoven l'aire de la càmera eliminant la calor que generen els bulbs.

Un altre sistema d'emmagatzematge és sota condicions controlades. Les cebes no són sensibles als danys per fred, per la qual cosa es pot aprofitar aquesta característica per a la seva conservació. Amb aquest sistema algunes varietats poden conservar-se fins a 32 setmanes. La humitat ha de mantenir-se entre el 65 i 75%, i la temperatura pot arribar fins a –0,8ºC. No obstant això, per a conservacions curtes de fins a 5 setmanes es recomanen temperatures de 15ºC. L'ús d'atmosferes modificades no es considera d'interès pràctic per a la conservació de cebes, a més de donar resultats molt contradictoris.

Les cebes no han de transportar-se a temperatures majors de 20ºC, que hauran de ser tant més baixes com més temps duri el viatge. S'ha de mantenir una ventilació adequada tant durant el transport com durant la distribució.

Les cebes es transporten a temperatures entre –1 i 20ºC, segons la durada del viatge. La humitat relativa ha de mantenir-se entre el 65 i el 75%. Les cebes confereixen la seva olor a altres productes, per la qual cosa no han de transportar-se en càrregues mixtes.

Durant el transport ha de mantenir-se una ventilació adequada. Per a viatges transoceànics s'usen contenidors amb orificis. Mitjançant un ventilador es fa circular aire a través d'ells. Si es tracta de cebes paletizadas s'ha d'afavorir la distribució de l'aire a través dels platons.

La distribució s'ha de fer a temperatures entre 5 i 20ºC, amb una humitat i una ventilació mitjanes.

Les cebes presenten diferents problemes durant el seu emmagatzematge. Poden aparèixer diverses alteracions fisiològiques com a escates translúcidas, cremades de sol i enverdecimiento. També poden patir malalties com les causades pels fongs Botrytis, Fusarium, Sclerotinia, Aspergillus, Penicillium i Colletotrichum pels bacteris Erwinia i Pseudomonas.

Les cebes presenten diferents problemes durant la seva conservació, com a malalties o alteracions fisiològiques.

Entre les alteracions es troben les següents.

Escates translúcidas: consisteix en un aclariment del color de les escates, que posteriorment pardean. Encara que les causes no estan clares, es creu que les altes temperatures abans de la recol·lecció ho afavoreixen.

Cremada de sol: es produeix durant l'assecat, i afecta sobretot a les cebes amb poques escates seques protectores.

Enverdecimiento: les escates exteriors prenen un color verd, apareixent sabors desagradables. Aquest fenomen es produeix si els bulbs han estat exposats al sol durant massa temps.

Algunes de les malalties que afecten a la ceba durant el seu emmagatzematge són:

Podridura del coll, causada pel fong Botrytis. És una de les principals afeccions posrecolección. Es caracteritza per una podridura humida en les túniques exteriors de la zona afectada, i sobre ella apareix una pelusilla de color gris. Per controlar aquesta malaltia és important recol·lectar els bulbs ben madurs, amb temps sec, i deixar-los assecar adequadament.

Podridura de la base del bulb. Aquesta afecció apareix ja en camp, i s'acaba de desenvolupar en magatzem. El causant és el fong Fusarium oxysporum, que infecta el bulb per les arrels, des d'on aconsegueix la base del bulb, on produeix una podridura.

Podridura blanca. Ocasionada pel fong Sclerotinia sclerotiorum, i caracteritzada per l'aparició d'una pelusilla de color blanc sobre les zones afectades, sobre la qual es formen una espècie de petits cossos negres d'1-2mm de diàmetre, similars al capdavant d'una agulla.

Podridura mohosa negra. Aquesta malaltia l'origina el fong Aspergillus niger. Aquest organisme penetra a través de ferides, normalment per la zona del coll, produint una eflorescència negra i una podridura en els teixits afectats.

Un altre fong del mateix gènere, Aspergillus alliaceus, actua d'igual manera, però produeix una eflorescència de color groc.

Floridura blava. Aquesta malaltia l'ocasiona el fong Penicillium, i es caracteritza per una podridura sobre la qual creix una pelusilla d'aquest color.

Coletotrichum circinans és un fong que produeix l'antracnosis o sutge. Aquesta afecció es caracteritza per l'aparició de taques circulars de color negre sobre les túniques externes de la ceba.

Míldiu de la ceba. Es tracta del fong Peronospora schleidenii, que ataca durant el cultiu, i pot allotjar-se en l'àpex del bulb, produint una podridura apical si hi ha suficient humitat.

Podridures humides. Les causen bacteris dels gèneres Erwinia i Pseudomonas, i produeixen teixits tous i amb una podridura humida que desprèn una olor fétido.