Antes de su introducción en cámara, es necesario secar los ajos, lo que se puede hacer en campo o en almacén con aire forzado. Los ajos se pueden conservar a temperatura ambiente durante unos 3 meses. Si se quiere alargar este periodo conviene usar temperaturas controladas, bien de 0 a 1ºC, o de 18 a 19ºC, pudiendo conservarse así hasta 8 meses.

El primer paso tras la recolección consiste en el secado o curado de los ajos, cuyo objetivo es desecar la parte exterior de los mismos. Se puede realizar en campo, para lo cual se recolectan las plantas enteras y se dejan en el terreno de 5 a 10 días, terminando de secarse en el almacén. Otro sistema es llevar los bulbos inmediatamente al almacén, donde se desarrolla todo el secado. Al principio la ventilación debe ser forzada, hasta que los ajos pierdan de un 20 a un 25% de su peso inicial.

La conservación de los ajos depende de las condiciones en que se encuentra el producto (sanidad, clima, etc). A temperatura ambiente pueden conservarse durante periodos breves, mientras que si se quiere alargar el almacenamiento son necesarias cámaras donde se pueda controlar la humedad y la temperatura. También es importante contar con una buena ventilación que permita acabar el secado si es necesario. Actualmente los ajos se almacenan en palots, que deben permitir la circulación de aire a través del producto.

Las condiciones adecuadas para la conservación de los ajos son temperaturas de 0 a 1ºC, con una humedad en torno al 70%, que permiten conservarlos hasta 6-8 meses. También se han observado buenos resultados si se mantienen a –2ºC.

Además de la conservación en frío, el ajo admite el almacenamiento a temperaturas altas, lo que también alarga el período de conservación. Para ello se mantiene la temperatura en torno a 18-19ºC, con una humedad relativa del 70%. De este modo los ajos se pueden conservar unos 3 meses, aunque mediante este sistema la pérdida de peso es mayor que en frío.

Los ajos no deben transportarse mezclados con otros productos, y la humedad debe mantenerse en torno al 70%. La distribución debe hacerse manteniendo la humedad baja y la aireación fuerte.

Los ajos deben transportarse solos, ya que confieren olores inapropiados a otros productos con los que se almacenen o transporten. Sobre todo si el viaje es muy largo, conviene mantener unos niveles de humedad óptimos, en torno al 70%.

La distribución conviene hacerla a temperatura ambiente, con una humedad ambiental baja y una aireación fuerte.

Loa ajos pueden sufrir durante su almacenamiento diversos problemas, como la emisión de brotes y raíces, la aparición de enfermedades como la podredumbre azul o la podredumbre blanda, y el ataque de determinadas plagas, ya sean larvas de insectos o ácaros.

Los ajos pueden presentar diversos problemas durante su almacenamiento, lo que provoca pérdida de calidad.

Se puede producir la emisión de brotes y raíces. Esto ocurre a partir de 2 a 3 meses tras la recolección. Se inicia lentamente y su velocidad aumenta con el tiempo. Las temperaturas entre 5 y 10ºC favorecen la brotación, mientras que temperaturas inferiores y superiores la inhiben. La humedad elevada también favorece este problema, aunque si es demasiado baja el bulbo se deshidrata.

Rotura de las túnicas del bulbo: el estado de las túnicas del ajo es un factor de calidad en las normas europeas. La rotura se puede producir por la emisión de brotes o raíces y la humedad de conservación.

Otro de los principales problemas que puede presentar el ajo es la aparición de enfermedades.

Podredumbre mohosa azul o verde. La produce el hongo Penicillium, y es la afección más importante en almacén. Los síntomas son lesiones pequeñas de color amarillento que aumentan con el tiempo. Sobre ellas aparece un fieltro de color azul verdoso. Se puede reducir esta enfermedad desinfectando los dientes antes de la plantación. También es importante eliminar los bulbos afectados.

Botrytis allii. Este hongo origina una podredumbre seca en la zona del cuello. Las túnicas protectoras del ajo aparecen cubiertas por unos pequeños cuerpos de color negro, duros, similares a la cabeza de un alfiler.

Helminthosporium allii. Los ataques de este hongo constituyen una de las principales causas de pérdida de calidad durante el almacenamiento. Cuando aparece se originan unas manchas semejantes al hollín sobre las túnicas.

Sclerotinia cepivorum. Los bulbos afectados por este hongo aparecen exteriormente normales, pero al cogerlos se observa que pesan menos de lo normal. Si se levanta la membrana exterior se observan los dientes momificados.

Podredumbre húmeda. La ocasiona el hongo Fusarium oxysporum, y se caracteriza por la aparición de una podredumbre en forma de mancha que aumenta de tamaño, sobre la que aparece una especie de algodón de color blanco. Desde el exterior avanza hacia dentro una podredumbre acuosa.

Podredumbre blanda. En este caso el organismo causante es una bacteria, Erwinia carotovora. Su efecto se caracteriza por un oscurecimiento de la zona afectada que se humedece y desintegra, desprendiendo un olor desagradable.

Los ajos también pueden presentar durante su almacenamiento determinadas plagas.

Gusano rojo. Se trata de las larvas de la mariposa Dispessa ulula, que excavan galerías en los bulbos poco antes de la recolección. En campo no se aprecian daños, pero el insecto sigue desarrollándose en el almacén, formando cavidades en el interior de los bulbos.

Mosca de las Liliáceas. Se trata del insecto Chortophila antigua, cuyas larvas se desarrollan también en el interior del diente.

Acariosis de los bulbos del ajo. En este caso el causante es el ácaro Aceria tulipae., que se desplaza desde las hojas de la planta al interior de los bulbos. Los daños que produce son unas manchas de color mate sobre la carne del ajo.