El tiempo de conservación del aguacate depende del estado de madurez con que la fruta fue cosechada y de los cuidados durante el manoseo. Las que han sido cosechadas completamente maduras y aquellas que no alcanzaron su madurez fisiológica o desarrollo completo deben ser rechazadas para la conservación.

La refrigeración es la técnica utilizada con máxima eficacia en la conservación de aguacates. Las condiciones de conservación recomendables son entre 4 y 7 ºC y 80-90% de humedad relativa. Para frutos verde-maduros se utilizan temperaturas de 5-13ºC (con madurez fisiológica o de cosecha), dependiendo del cultivar y de la duración de la baja temperatura. Para aguacates con madurez de consumo la temperatura óptima es de 2-4ºC. A pesar que bajo estas condiciones los aguacates se pueden conservar unos 28 días, pueden aparecer problemas de ablandamiento de frutos y daños por frío e incluso desórdenes fisiológicos, sobre todo a bajas temperaturas. Para paliar estos problemas en casos de largo almacenamiento se pueden conservar en atmósfera controlada, cuyas condiciones óptimas son 2% de oxígeno, 10% de dióxido de carbono y 7,2ºC de temperatura.

Se utiliza la aplicación de etileno para madurar un producto previamente antes de salir al mercado y poderlo consumir directamente.

Las mismas condiciones ambientales que resultan óptimas para la conservación, lo son para las etapas de transporte y distribución.

Tras la recolección se pueden producir problemas por antracnosis, marchitez de las ramas y pudrición de los frutos, pudrición del pedicelo, y otros tipos de enfermedades en poscosecha.

Antracnosis (Colletotrichum gloesporioides)
Esta enfermedad es considerada como una de las de mayor importancia , ya que además de los daños y efectos que ocasiona en la producción, reduce la calidad del fruto durante su comercialización, donde ocasiona verdaderas pérdidas.

Su sintomatología se inicia con círculos claros causando el hongo una pudrición firme. Las lesiones son de tamaño variable y de color oscuro brillante, pudiendo destruir frutos enteros. En estado avanzado estas áreas pueden penetrar hasta la pulpa.

Se pueden destruir remesas completas en el almacén, ocasionalmente ataca a hoja y ramas, causando defoliación.

Pudrición de frutos
Causado por el hongo Dothiorella spp. que ataca a ramas y frutos. En los frutos la infección puede ocurrir antes o después de la cosecha. La pudrición afecta al pericarpio con mayor intensidad y si llega a la pulpa ésta adquiere una consistencia ligeramente acuosa. Conforme avanza la pudrición, el pericarpio se suaviza y la pulpa adquiere un olor fétido. Finalmente se pudre y el fruto toma un color gris verdoso.

Otras enfermedades poscosecha

Enfermedades poscosecha son las siguientes:
- Mancha de Cercospora o mancha del aguacate (Pseudocercospora purpurea): Este daño es común en aguacates producidos en Florida, EUA, Caribe, Brasil, Camerún, y el sur de África. Al principio aparecen manchas (como pequeños puntos) blancas a verdes. Posteriormente, bajo condiciones de humedad la mancha crece y toma color café. Raramente suelen crecer más de 0,5 cm pero las heridas que representan permiten la entrada de otros organismos, en particular hongos que provocan antracnosis.

- Pudrición por Alternaria: En Israel se encontró que Alternaria sp. causa la pudrición en el pedúnculo y en otras partes del fruto.

- Pudrición suave bacteriana: En Israel se encontró este daño que es causado por Erwinia carotovora. Los frutos afectados presentan manchas suaves, oscuras y planas que suelen afectan al fruto entero. Paulatinamente, la pulpa se torna suave y pierde color, presentando un olor a fétido.

- Pudrición por Fusarium: Pudrición causada por diferentes especies de Fusarium. Enfermedad importante en Israel, Sudáfrica, EUA, y el oeste de la India. Los daños de este hongo constituyen vías de acceso a hongos relacionados con la pudrición del pedúnculo, situación que acelera el daño.

- Pudrición por Phytophthora: Se ha hallado en México y EUA, identificándose como Phitophthora citricola. Ataca a los frutos que se hallan en las ramas bajas y se disemina mediante el salpicado del agua en el suelo.