El fruto una vez seco debe mantenerse en condiciones de bajas temperaturas y humedad relativa. También influye en la conservación el control de los niveles de oxígeno y dióxido de carbono en la atmósfera.

La nuez una vez secada puede conservarse en silos durante 5-6 meses a una temperatura de 7 a 10ºC. La temperatura óptima es de 0 a 10ºC; cuanto más baja sea, más larga será la vida poscosecha. Pueden almacenarse congelados a –18ºC por más de un año, manteniéndose en buenas condiciones.

Según el contenido en humedad de las nueces, que puede variar entre 2 y 20%, la humedad relativa óptima para aumentar el período de almacenamiento puede ser desde 55 a 70%. Se recomienda que los envases protejan al producto de la humedad.

Los efectos de las atmósferas controladas pueden ser diferentes según los niveles de sus componentes. Así pues, los niveles de oxígeno inferiores al 1% son muy efectivos para retrasar el enranciamiento, y otros síntomas de deterioro; concentraciones de oxígeno por debajo del 0,5%, equilibrado con nitrógeno, y/o niveles de dióxido de carbono por encima del 80% en el aire, pueden ser efectivos para el control de los insectos que atacan a los productos almacenados y pueden ser una alternativa a la fumigación química.

Por todo esto, es recomendable el envasado al vacío o con flujos de nitrógeno para eliminar el oxígeno y mantener la calidad de las nueces.

Los problemas pueden ser debidos a alteraciones fisiológicas o enfermedades causadas por bacterias y hongos.

Pueden haber problemas como: el daño físico o rotura de la nuez, lo cual reduce la vida de almacenamiento; la transferencia de olores debido al alto contenido en lípidos de las nueces, ya que por eso absorben con más facilidad las olores y por lo tanto no deben almacenarse con otros productos de fuerte olor; y el daño por amonio que causa el ennegrecimiento de los tejidos externos y al que son muy sensibles.

Además, existen insectos como los gorgojos que pueden dañar a las nueces almacenadas. Para minimizar los ataques de insectos debe haber una buena higiene y se puede fumigar con productos químicos autorizados, aunque cada vez se utilizan menos debido a los problemas que pueden causar por residuos. Otras formas para controlarlos son mediante irradiación, tratamientos de calor y usando atmósferas controladas.

En cuanto a las enfermedades que afectan a la nuez, pueden ser producidas por bacterias y hongos principalmente.

1- Bacteriosis
Las bacterias que provocan la bacteriosis son del género Xanthomonas y se manifiestan en condiciones de lluvias abundantes y temperaturas altas. Afectan a hojas, yemas y frutos, pudiendo reducir la cosecha a la mitad. Los frutos afectados presentan unas manchas oscuras en la superficie y que tienen un centro agrietado.

2- Aspergillus flavus
La infección de las nueces puede comenzar antes de la cosecha y su desarrollo es favorecido por un tiempo lluvioso y húmedo, y cuando están dañadas por insectos. La mejor forma de evitar que crezcan los hongos en los productos ya cosechados es mantenerlos en condiciones óptimas de temperatura y humedad relativa durante toda la manipulación.