Cuando se recolectan los pistachos tienen entre un 30-40% de humedad y se debe bajar hasta un 7% para mantener la calidad; el secado puede hacerse en dos fases. La temperatura óptima es de 0 a 10ºC y los niveles de oxígeno y dióxido de carbono en la atmósfera también influyen en el tiempo de conservación.

El pistacho se recolecta con una humedad entre 30 y 40% y una vez pelado debe bajarse hasta el 7% para mantener la calidad durante el almacenamiento. El secado se realiza en dos fases; la primera dura unas tres horas, se realiza a temperaturas hasta de 82ºC y se llega a una humedad del 12 ó 13%; la segunda es a temperatura ambiente o por debajo de 49ºC, durante uno o dos días y la humedad baja hasta 4-7%. Si la cantidad de frutos es pequeña pueden secarse de una vez en unas 8 horas a temperaturas de 60ºC. Otra alternativa de secado es al aire libre, entre 3 y 5 días al sol, aunque con este método puede haber problemas por aparición de hongos. Es conveniente que el secado se produzca lo antes posible para evitar eso; así pues se recomienda cosechar los frutos que se puedan pelar y secar en el mismo día o almacenarlos hasta el pelado, unas 8 horas en cámaras frigoríficas a 0ºC y 80% de humedad relativa.

Los pistachos son menos susceptibles al enranciamiento que otros frutos secos, seguramente debido que contienen menor proporción de ácidos grasos poliinsaturados.

Controlando las condiciones de humedad relativa y la temperatura del ambiente en el almacén pueden conservarse mejor las cualidades de los frutos. Con un nivel de humedad que no supere el 7% y temperatura menor de 25ºC se interrumpe el desarrollo de los hongos. Para que se conserven los pistachos durante más de un año se recomienda una temperatura entre 0 y 10ºC ya que se reduce la posibilidad de desarrollo de hongos y el riesgo de oxidación de las grasas es menor, la cual merma la calidad del sabor.

Además, controlando los niveles de los componentes de la atmósfera también puede influirse en la conservación del producto. Así pues, en atmósfera controlada con concentraciones de oxígeno inferiores al 1% se retrasa el enranciamiento y otros síntomas de deterioro. Y las concentraciones de oxígeno por debajo del 0,5% equilibrado con nitrógeno, y/o niveles de dióxido de carbono superiores al 80% en el aire pueden ser efectivos para controlar los insectos que atacan a los productos almacenados y pueden ser una alternativa a la fumigación química.

Pueden producirse alteraciones fisiológicas como el daño por frío y enfermedades causadas por hongos principalmente.

Hay una serie de fisiopatías como es el daño físico, es decir que la cáscara se rompa y por eso, la vida de almacenamiento sea más corta y el daño por amonio al que son muy sensibles y causa el ennegrecimiento de los tejidos externos.

Además, existen varios insectos que pueden dañar a los frutos almacenados. Para minimizar los ataques de insectos debe haber una buena higiene, y se puede fumigar. Otras formas para controlarlos son mediante irradiación, tratamientos de calor y usando atmósferas controladas. Los frutos también son muy atractivos para las ardillas y algunos pájaros.

Las enfermedades que afectan a los frutos son producidas por hongos principalmente.

Aspergillus flavus:

La infección de los frutos puede comenzar antes de la cosecha y su desarrollo es favorecido por un tiempo lluvioso y húmedo, y cuando los pistachos están dañados por insectos. La mejor forma de evitar que crezcan los hongos en los productos ya cosechados es mantenerlos en condiciones óptimas de temperatura y humedad relativa durante toda la manipulación.