És convenient emmagatzemar les ametlles a temperatures entre 0 i 10ºC i humitat relativa baixa. També controlant els nivells d'oxigen i diòxid de carboni s'influeix en la conservació.

Les varietats amb pela dura que predominen a Espanya, es poden emmagatzemar durant més temps que les de pela tova sense perill d'enranciamiento. La temperatura òptima és de 0 a 10ºC i com més baixa sigui, millor es conservaran les ametlles emmagatzemades. La humitat relativa òptima d'emmagatzematge dependrà de la humitat del producte. L'ametlla és una fruita seca amb baix contingut en aigua pel que s'ha d'evitar la humitat. A més, controlant els nivells dels components de l'atmosfera també pot influir-se en la conservació del producte. Així doncs, en atmosfera controlada amb concentracions d'oxigen inferiors al 1% es retarda l'enranciamiento i altres símptomes de deterioració. I les concentracions d'oxigen per sota del 0,5%, equilibrat amb nitrogen, i/o nivells de diòxid de carboni superiors al 80% en l'aire poden ser efectius per controlar els insectes que ataquen als productes emmagatzemats i poden ser una alternativa a la fumigació química.

Para més informació i recomanacions per mantenir la qualitat poscosecha de les nous i altre fruita seca es pot consultar la pàgina Web de la Universitat de Davis ( http://postharvest.ucdavis.edu ).

Es poden produir alteracions fisiològiques del producte o malalties causades per fongs que ataquen sobretot en condicions d'humitat elevada.

Hi ha una sèrie de fisiopatías com és el dany físic, és a dir que la pela es trenqui i per això, la vida d'emmagatzematge sigui més curta i el dany per amoni al que són molt sensibles i causa l'ennegriment dels teixits externs.

A més, existeixen diversos insectes que poden danyar als fruits emmagatzemats. Per minimitzar els atacs d'insectes ha d'haver-hi una bona higiene, i es pot fumigar amb productes químics aprovats, encara que cada vegada es fa menys per evitar problemes de residus. Altres formes per controlar-los són mitjançant irradiació, tractaments de calor i usant atmosferes controlades. Els fruits també són molt atractius per als esquirols i alguns ocells.

Les malalties que afecten als fruits són produïdes per fongs principalment.

1- Aspergillus flavus
La infecció dels fruits pot començar abans de la collita i el seu desenvolupament és afavorit per un temps plujós i humit, i quan les ametlles estan danyades per insectes. La millor forma d'evitar que creixin els fongs en els productes ja collits és mantenir-los en condicions òptimes de temperatura i humitat relativa durant tota la manipulació postcosecha.

2- Cladosporium carpophilum
Afecta a l'ametller i al presseguer i en alguns casos a l'albercoquer, en plantacions on la humitat és elevada i si l'atac és d'hora produeix la caiguda dels fruits, lesions amb taques fosques que poden originar esquerdes i deformacions. Si els atacs es produeixen en cambres frigorífiques les taques són puntuals, d'un negre aterciopelado i no ocasionen deformacions.