Per conservar la qualitat del tomàquet des que es recol·lecta fins que arriba al consumidor és essencial collir-ho al moment adequat. Els tomàquets són sensibles al fred, així que es conserven a temperatures entre 10 i 15ºC i una humitat del 85-90%. D'aquesta manera es poden emmagatzemar entre uns pocs dies i sis setmanes.

El factor essencial per cuidar la qualitat en la comercialització consisteix a efectuar la recol·lecció amb la maduresa òptima, doncs en els tomàquets la recol·lecció excessivament anticipada provoca que no arribin a madurar i, si és massa avançada, estaran molt tous i excessivament acolorits, molt sensibles a la manipulació i amb una vida útil molt breu.

Els tomàquets no solen preenfriarse hagut d'en part a la seva sensibilitat al fred. Les condicions adequades de conservació del tomàquet depenen de l'estat de maduració del fruit. En el cas dels tomàquets en estat verd madur han de conservar-se a 12-15ºC i 85-90% d'humitat relativa, mentre que si es tracta de tomàquets madurs poden conservar-se a temperatures inferiors, recomanant-se a 10-12ºC. El període de conservació pot perllongar-se des d'uns pocs dies fins a un màxim de 4-6 setmanes, segons el grau de maduració.

Si es conserven a temperatures inferiors poden produir-se danys als fruits, que a més són més sensibles a l'atac de microorganismes. Aquests danys per fred poden reduir-se si abans de l'emmagatzematge en càmera es tenen els tomàquets a 36-40ºC durant 3 dies, per després conservar-los a 2ºC durant 3 setmanes, la qual cosa es coneix com a pretractament tèrmic.

També poden usar-se atmosferes controlades per a la conservació del tomàquet. Les condicions adequades varien segons varietats, encara que en general les condicions aconsellades per al tomàquet verd madur són 3-5% d'O2 i 2-3% de CO2, a una temperatura de 12 a 20ºC. En el cas del tomàquet madur, tant el nivell d'O2 com el de CO2 es poden mantenir a 3-5%, i la temperatura a 10-15ºC. No obstant aquesta tècnica no és molt comuna en el tomàquet.

Els tomàquets que es troben madurant produeixen etilè a una taxa elevada pel que no és convenient emmagatzemar-los o transportar-los juntament amb productes sensibles a l'etilè com a enciams i cogombres.

En el cas de voler madurar els fruits, la temperatura òptima de maduració és de 20ºC. En aquestes condicions el desenvolupament de color és òptim i la retenció de vitamina C és alta. La humitat ha de mantenir-se entre 90 i 95%, i aplicar etilè a la concentració de 100ppm durant 24-72 hores.

Els tomàquets es transporten a una temperatura entre 8 i 14ºC, amb una humitat alta. La distribució es fa normalment a temperatures entre 10 i 15ºC i una humitat mitjana.

El transport dels tomàquets ha de fer-se a temperatures entre 8 i 14ºC, segons la durada del viatge. La humitat relativa ha de mantenir-se alta, entre el 90 i el 95%. Encara que és un mètode molt poc utilitzat, hi ha autors que citen l'ús d'atmosferes controlades durant el transport. Les condicions adequades serien del 3 al 5% d'oxigen i del 0% de diòxid de carboni.

La distribució es fa a una temperatura mitjana de 10-15ºC, amb una humitat relativa i ventilació mitjanes. A més s'han d'evitar manipulacions innecessàries, per reduir els danys del fruit.

Els tomàquets en conservació poden presentar diferents problemes provocats per unes condicions inadequades (massa fred, poca humitat…) o malalties provocades per diferents fongs i bacteris, com la pudrición negra, la pudrición agra, la pudrición algodonosa o la pudrición tova bacteriana.

Entre els diferents problemes que es poden ocasionar durant la conservació es troben els següents:

- Estovament: després de la recol·lecció la duresa de la polpa es redueix, hagut d'entre altres coses a la pèrdua d'aigua.

- Danys per fred: es produeixen quan el tomàquet és sotmès a temperatures inferiors a 10-13ºC. Quan això ocorre apareix un punteado sobre la superfície del fruit. A més, es veu afavorit l'atac de diferents organismes que produeixen pudriciones.

- Una causa important de les pèrdues que es produeixen durant l'emmagatzematge són les malalties, que varien segons l'època, la regió i el maneig. Usualment es poden trobar les següents:

- Pudrición negra: produïda per Alternaria. Aquesta malaltia es presenta especialment en tomàquets danyats per un excés de fred. S'observen lesions recobertes d'una pelusilla curta de color negre.

- Pudrición agra: és produïda pel microorganisme Geotrichum candidum. La malaltia produeix la desintegració dels teixits, que s'estoven. La pell apareix arrugada. Es detecta una olor a vinagre i s'observa una pelusilla de color blanc groguenc.

- Pudrición algodonosa: és la causada pel fong Rhizopus stolonifer. En la pell dels fruits afectats apareixen taques marrons que abasten una gran superfície. El teixit es va estovant i la pell es trenca, traspuant líquid. A més, apareix la pelusilla fosca del fong.

- Pudrición gris: és causada pel fong Botrytis, que produeix una pelusilla algodonosa de color gris.

- Pudrición tova bacteriana: la provoca el bacteri Erwinia carotovora. El seu atac es manifesta per l'aparició d'una podridura humida.